南通大学保卫部（处）（与人民武装部合署）是在学校党政的领导和上级公安机关业务指导下，开展学校安全保卫工作的职能部门，正处级建制。以为教学、科研和师生服务为中心；以治安防范为重点；以确保学校安全稳定为目标。以“热情服务、规范管理、维护稳定、确保安全”为工作思路，以“秩序好、案发少、校园安全稳定、师生员工满意”为工作目标，积极开展校园安全保卫工作，预防控制和减少校园违法犯罪活动和安全事故的发生。保卫处下设综合管理科、治安管理科、消防安全科和启秀校区保卫办公室。现有在编职工17人，外聘保安及劳务用工144人。

南通大学人民武装部（与保卫部合署）是学校党委军事工作的职能部门，正处级建制。负责贯彻执行《军事课教学大纲》，做好军事理论教学和军事技能训练；负责学校的民兵组织建设、政治教育、军事训练；牵头组织学生军训工作和群众性军事体育活动；督促抓好学生和负责学校的教职员工国防教育工作；负责学校的兵役登记、兵员征集工作，协调做好入伍大学生学籍管理、退伍后复学和优惠政策落实工作；负责预备役士兵、预备役军官登记统计和国防动员潜力调查工作；负责学校的学生军训枪支安全管理和保障工作；积极协调学校和地方有关部门，开展双拥工作；负责指导国防类军事社团工作；完成上级军事机关和学校党委交办的其他工作。人民武装部下设人武工作科和军事教研室。